SMP Negeri 3 Penajam Paser Utara terletak di Desa Gunung Intan, Kecamatan Babulu, Kabupaten Penajam Paser Utara. Desa Gunung Intan merupakan desa sasaran transmigrasi sehingga untuk memfasilitasi pelayanan pendidikan anak-anak usia sekolah menengah pertama, didirikanlah SMP PGRI Babulu Darat di tahun 1981 yang kala itu menumpang di Gedung SD Negeri 007 (sekarang SD Negeri 001 Babulu).
Lantas pada tahun 1982, didirikanlah sekolah baru bernama SMP Negeri Babulu Darat yang terletak di Desa Gunung Intan berdasarkan Surat Keputusan (SK) Mendikbud No. 0299/a/O/1982 pada tanggal 9 Oktober dengan nomor kode 218739, Nomor S.S. 201160107016 terhitung 1 Juli 1982 dan pertama kali digunakan sebagai tempat belajar mengajar pada tanggal 24 Agustus 1982 yang di kemudian hari, tanggal tersebut menjadi tanggal peringatan hari jadi SMP Negeri 3 Penajam Paser Utara.
Seiring berjalannya waktu, pada tahun 1995 terjadi perubahan nomenklatur sekolah sehingga SMP Negeri Babulu Darat berubah nama menjadi SMP Negeri 1 Waru. Tahun 1997, SMP Negeri 1 Waru berubah nama menjadi SLTP Negeri 1 Waru. Di tahun yang sama, terjadi perubahan nomenklatur sekolah sehingga SLTP Negeri 1 Waru berubah nama menjadi SLTP 1 Babulu. Pada tahun 2005, terjadi perubahan nomenklatur sekolah lagi menjadi SMP Negeri 1 Babulu, dan dua tahun kemudian, berubah nama menjadi SMP Negeri 3 Penajam Paser Utara dan nama sekolah tersebut dipakai sampai sekarang.
Berikut masa kepemimpinan kepala sekolah:
Tahun demi tahun, SMP Negeri 3 Penajam Paser Utara mengalami perkembangan/kemajuan baik dari segi kualitas maupun kuantitas. Dari segi kualitas, dapat diukur dari status akreditasi sekolah yang terus meningkat (akreditasi A di tahun 2016 sampai sekarang), prestasi akademik dan non akademik siswa dari level kecamatan hingga nasional, termasuk pernah ditunjuk sebagai sekolah mutu, sekolah bina bakat prestasi, dan sekolah Adiwiyata tingkat provinsi.
Selain itu, SMP Negeri 3 Penajam Paser Utara juga terus berbenah menuju sekolah berbasis digital dengan program pembelajaran e-learning sebagai salah satu upaya pengurangan penggunaan kertas.